Sâu non xâm nhập vào bẹ lá vào thân cắt đứt đường vận chuyển dinh dưỡng làm héo đỉnh sinh trưởng, làm chế cây ở giai đoạn lúa non hoặc bông bạc, ảnh hưởng trực tiếp đến năng suất lúa. Nhộng làm ổ bên trong thân lúa và bướm vũ hóa từ đấy. Sâu đục thân 5 vạch đầu đen phát sinh gây hại nặng ở vụ lúa xuân sớm.